پرویز مشکاتیان در سال ۱۳۳۴ در نیشابور چشم به جهان گشود. او مقدمات موسیقی را از شش سالگی نزد پدرش، حسن مشکاتیان، که استاد سنتورنوازی و آشنا با ویولن و سه‌تار بود، آموخت. وی آموختن موسیقی را در طول تحصیل در زادگاهش، نیشابور شروع کرد و تا پایان دورهٔ متوسطه همچنان در پیشگاه پدر به فراگیری و تمرین مشغول بود. او در سال ۱۳۵۳وارد دانشکدهٔ‌هنرهای‌زیبا در دانشگاه تهران شد و به آموختن ردیف میرزا عبدالله نزد نورعلی برومند و ردیف موسیقی سنتی نزد داریوش صفوت پرداخت.
وی هم‌زمان با آموزش ردیف، مبانی موسیقی ایرانی را نزد اساتیدی چون محمدتقی مسعودیه، مهدی برکشلی، عبدالله دوامی، سعید هرمزی و یوسف فروتن فرا گرفت. او نوازندگی سنتور را در مرکز حفظ و اشاعه موسیقی به صورت بسیار جدی ادامه داد و توانست در نوازندگی این ساز به مهارت ویژه و چشمگیری دست پیدا کند و همچنین توانست کارهای بزرگ فراوانی را در زمینهٔ آهنگسازی و نوازندگی سنتور به ویژه در زمینهٔ ساخت قطعات همنوازی (ارکسترال)، تصنیف و نیز تکنوازی انجام دهد.
وی در آزمون موسیقی باربد که به ابتکار نورعلی برومند برگزار می‌گردید، به همراه پشنگ کامکار مقام نخست در رشتهٔ سنتور و همراه با داریوش طلایی، مقام ممتاز در ردیف‌نوازی را به دست آورد.مشکاتیان از سال ۱۳۵۶، همکاری با رادیو را زیر نظر هوشنگ ابتهاج آغاز کرد، ولی پس از واقعه ۱۷ شهریور ۱۳۵۷ از رادیو استعفاء داد و مؤسسه چاووش را با همکاری هنرمندان گروه عارف و شیدا تشکیل داد.
سپس با همکاری شهرام ناظری، تصنیف «مرا عاشق» را بر روی شعر مولانا ساخت. از سال ۱۳۵۸ تا سال ۱۳۶۷ و بعدتر در اوایل دهه ۷۰ با محمدرضا شجریان همکاری داشت که نتیجهٔ این همکاری، آثار ماندگاری چون بیداد، آستان جانان، سِرّ عشق، نوا، دستان، گنبد مینا، دود عود، جان عشاق و قاصدک بود. وی در همهٔ این آثار، به عنوان آهنگ‌ساز و نوازندهٔ سنتور (در سِرّ عشق به عنوان نوازندهٔ سه‌تار و در جان عشاق فقط آهنگ‌ساز) همکاری داشت.پس از قطع همکاری با محمدرضا شجریان، وی با خوانندگانی چون علی جهاندار، ایرج بسطامی، علیرضا افتخاری، حمیدرضا نوربخش، علی رستمیان و شهرام ناظری همکاری کرد. او همچنین در فستیوال جهانی موسیقی تحت عنوان (روح زمین) در کشور انگلستان شرکت کرد و مقام نخست را بدست آورد.
پرویز مشکاتیان در تاریخ ۳۰ شهریور سال ۱۳۸۸ در منزلش در تهران و در سن ۵۴ سالگی بر اثر مشکل قلبی درگذشت.